１．前瞻能源科技與策略研究，包括潔淨能源科技如燃料電池、再生能源、生質能源、潔能與節能、能源環境科技等，先進能源系統如新型核能系統及產氫技術之研究，電力系統如冷凍空調，分散式電力系統規劃，能源策略則包括能源規劃與管理等。各年度之研究重點將由中心初擬，經諮詢委員會議通過後訂定之。
２．環境科技與微量分析研究，包括超微量分析技術開發、環境監測、新穎環境觸媒研發與應用、分子感測器、污染物宿命與傳輸、環境復育技術、環境污染物健康風險效應、分子環境生物技術、及環境規劃與管理等。各年度之研究重點將由中心初擬，經諮詢委員會議通過後訂定之。
３．積極參與並推動國際性能源與環境科技之合作及交流。
４．舉辦訓練班，培訓能源與環境科技及規劃管理人才。
５．舉辦學術研討會及出版論著，加速資訊之交流。